Да, можно и даже рекомендуется устанавливать зависимости внутри контейнера. Это обеспечивает изолированность среды и воспроизводимость. Лучше делать это через Dockerfile:

FROM python:3.9

Установка зависимостей

COPY requirements.txt .
RUN pip install -r requirements.txt

Копирование кода

COPY . /app
WORKDIR /app

Ключевые моменты:
1. Фиксируйте версии зависимостей в requirements.txt
2. Разделяйте установку зависимостей и копирование кода (использует кеширование слоев Docker)
3. Для продакшена используйте многоэтапные сборки

Пример requirements.txt:

numpy==1.21.0
pandas==1.3.0
scikit-learn==0.24.2