Будет ли @RestController создавать Prototype сервис при каждом обращении

Нет, @RestController по умолчанию создаётся как Singleton, как и все Spring-бины. Каждый запрос не приводит к созданию нового экземпляра контроллера. Если нужно Prototype поведение, можно явно указать @Scope("prototype"):

@RestController
@Scope("prototype")
public class MyController {
    // Каждый запрос будет создавать новый экземпляр
}

Но обычно это не требуется - состояние запроса лучше хранить в параметрах методов или отдельных сервисах. Singleton эффективнее с точки зрения памяти и производительности.