В чем разница между Annotation Based Configuration и Java Based Configuration

Annotation Based Configuration использует аннотации (@Component, @Service, @Autowired и т.д.) для определения бинов и их зависимостей. Конфигурация размазана по коду, что удобно для быстрого старта, но может усложнить понимание структуры приложения.

@Service
public class UserService {
    @Autowired
    private UserRepository repository;
}

Java Based Configuration (через @Configuration и @Bean) централизован в конфигурационных классах. Позволяет явно описывать бины и их зависимости, что делает конфигурацию более прозрачной и гибкой (например, для условного создания бинов).

@Configuration
public class AppConfig {
    @Bean
    public UserService userService(UserRepository repository) {
        return new UserService(repository);
    }
}

Плюсы Annotation: лаконичность, удобство для простых случаев.
Плюсы Java Config: контроль, явность, возможность программирования логики создания бинов.

Обычно используют гибридный подход.