Где хранится ссылка

Ссылки в Java хранятся в стеке (stack memory), а сами объекты, на которые они указывают, — в куче (heap memory).

Пример:

String s = new String("Hello");  

• s (ссылка) — в стеке
• "Hello" (объект) — в куче

Примитивы (int, char и т.д.) хранятся прямо в стеке, если они локальные переменные.