Дополняет ли файл запись через FileOutputStream

Да, FileOutputStream по умолчанию перезаписывает файл. Чтобы дополнять файл, нужно использовать конструктор с флагом true:

FileOutputStream fos = new FileOutputStream("file.txt", true);
fos.write("Дополнительный текст".getBytes());
fos.close();

Без флага true файл будет перезаписан. Также важно закрывать поток через close() или использовать try-with-resources для автоматического закрытия.