Использовал ли что-то кроме Hibernate при выполнении запроса из приложения

Да, кроме Hibernate можно использовать:

• JDBC для низкоуровневых запросов
• JPA (который Hibernate реализует)
• Spring Data JPA для упрощения работы с репозиториями
• QueryDSL или JOOQ для типобезопасных запросов
• MyBatis для SQL-маппинга

Пример с JDBC:

try (Connection conn = DriverManager.getConnection(url);
     Statement stmt = conn.createStatement()) {
    ResultSet rs = stmt.executeQuery("SELECT * FROM users");
    while (rs.next()) {
        // обработка результата
    }
}

Выбор зависит от требований: Hibernate хорош для ORM, но иногда нужен прямой SQL-контроль.