Какую бы аннотацию использовал, чтобы игнорировать класс как сущность

Для игнорирования класса как JPA-сущности используется аннотация @Transient. Однако если речь о Hibernate или JPA в целом, правильнее использовать @Transient для полей, а для всего класса - @org.hibernate.annotations.Entity(mutable = false) или просто не помечать класс @Entity.

Пример:

@Transient  // для игнорирования в JPA
public class IgnoredClass {
    // поля и методы
}

Важно: @Transient из javax.persistence отличается от java.beans.Transient - первый для JPA, второй для сериализации.