Работал ли с базами, в которых было много натуральных ключей

Да, работал. Натуральные ключи (естественные идентификаторы, например, email или ИНН) могут быть удобны, но имеют недостатки:

1. Изменяемость: если ключ изменится (например, email), придётся обновлять все связанные таблицы.
2. Производительность: строковые ключи (VARCHAR) работают медленнее, чем числовые (BIGINT).
3. Уникальность: сложнее гарантировать уникальность, особенно в распределённых системах.

Пример с SQL:

-- Плохо: email как первичный ключ
CREATE TABLE users (
    email VARCHAR(255) PRIMARY KEY,
    name VARCHAR(100)
);

-- Лучше: суррогатный ключ + уникальное ограничение
CREATE TABLE users (
    id BIGINT AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY,
    email VARCHAR(255) UNIQUE,
    name VARCHAR(100)
);

В Java (JPA/Hibernate):

@Entity
public class User {
    @Id
    @GeneratedValue(strategy = GenerationType.IDENTITY)
    private Long id;

    @Column(unique = true)
    private String email;
}

Рекомендую использовать суррогатные ключи (ID) + уникальные индексы на натуральные поля.