Что нужно сделать для запуска Main.java

Скомпилируй файл в байт-код и выполни его через JVM. Пример:

1. Компиляция:

javac Main.java

Создаст Main.class

2. Запуск:

java Main

Важно: класс должен содержать метод main:

public static void main(String[] args) {
    System.out.println("Hello World!");
}

Если есть зависимости, укажи classpath:

java -cp .;lib/* Main