У всех ли сущностей есть __proto__

Нет, не у всех сущностей есть __proto__. Это свойство есть только у объектов. Примитивы (числа, строки, булевы значения, null, undefined, Symbol) не имеют __proto__, но при обращении к их методам JavaScript временно оборачивает их в объекты-обёртки.

Пример:

const num = 42;
console.log(num.__proto__); // Работает (временная обёртка)
console.log(42.__proto__); // SyntaxError

const obj = {};
console.log(obj.__proto__); // Работает

console.log(null.__proto__); // TypeError

Лучше использовать Object.getPrototypeOf() для получения прототипа, так как __proto__ - устаревшее свойство.