У всех ли сущностей есть prototype

Нет, не у всех сущностей есть prototype. У примитивов (строк, чисел, булевых значений, null, undefined, symbol, bigint) нет prototype, но у них есть объекты-обертки (например, String, Number), которые имеют prototype. Также, объекты, созданные с помощью Object.create(null), не имеют prototype.

Пример:

const obj = {};
console.log(obj.__proto__); // Object.prototype

const noProto = Object.create(null);
console.log(noProto.__proto__); // undefined

const str = 'hello';
console.log(str.__proto__); // String.prototype (но str - примитив, prototype доступен через обертку)