Мы использовали Jira для управления задачами. Каждый проект имел свой бэклог, задачи делились на эпики и стори, оценивались в story points.

Для трекинга времени применяли Toggl или встроенные в Jira отчеты.

Пример workflow:

# Пример автоматизации через Jira API
import jira

client = jira.JIRA(server="https://company.atlassian.net", basic_auth=("user", "pass"))
issue = client.issue("PROJ-123")
print(f"Task: {issue.fields.summary}, Status: {issue.fields.status}")

Лог времени

client.add_worklog("PROJ-123", timeSpent="2h", comment="Code review")

Также использовали GitHub Projects для небольших команд, связывая PR с задачами через хештеги (#PROJ-123).  

Для личного трекинга иногда применял простой TODO.md в репозитории с чеклистами.